Évolution naturelle et provoquée de la faune dulcicole de l’arc jurassien
Des invertébrés aux poissons, nos rivières ont toujours été des corridors de vie en mouvement. Mais aujourd’hui, cet équilibre millénaire est bousculé à une vitesse sans précédent par les activités humaines et le dérèglement climatique. Dans l’arc jurassien, les cours d’eau témoignent de transformations profondes qui redessinent la carte du vivant aquatique.
Introduction : Une biodiversité en mouvement
Des invertébrés aux poissons, nombreuses sont les espèces qui continuent de se déplacer sur la planète et de s’adapter aux divers milieux aquatiques au fil des temps : cette évolution peut être naturelle, expansion de l’aire géographique d’une espèce en raison de sa dynamique propre, ou provoquée par l’intervention de l’homme.
Ainsi, pour les poissons, de nombreuses pratiques sont fréquentes depuis le Moyen Âge : transport, introduction, déversement de produits d’élevage. Puis plus récemment se développe une aquaculture spécialisée, avec ou sans intervention sur le génome pour « améliorer » les performances, les rendements et donc la rentabilité d’un processus biologique. Les résultats sont partagés sans délai sur tous les continents.
Cet examen des données disponibles se concentre sur l’aire géographique constituée par l’arc jurassien et le bassin versant du Rhône et ses affluents. Il présente une unité géologique et une géographie simple avec un réseau de rivières bien connu et une variété de lacs intéressante : d’origine glaciaire ou anthropique.
Sur ces « masses d’eau » en terme administratif, ou sur ces milieux dulcicoles en terme scientifique et sur la durée d’une vie humaine, il est possible de faire un bilan des espèces disparues et des espèces nouvelles, introduites et/ou invasives, ou tout simplement en extension géographique due aux évolutions climatiques ou aux impacts des activités humaines sur leurs habitats.
Il s’agit bien alors d’étudier les réels bouleversements de la biodiversité d’espèces dulcicoles, de repérer la dynamique des déplacements de populations dépendantes des conditions climatiques ou soumises à des pressions écologiques ou physicochimiques qui limitent leurs conditions vitales.
Point de situation historique
Il faut rappeler que les sociétés savantes, au début du siècle dernier, étaient aussi des sociétés d’acclimatation, donc promouvaient des pratiques de transport d’espèces inconnues, depuis des pays lointains, pour localement évaluer leur potentiel d’acclimatation et « enrichir » le patrimoine.
Les activités d’aquariophilie ont aussi donné l’impulsion à des introductions multiples d’espèces d’eau douce provenant du monde entier pour exposer et tenter de reproduire des espèces extraordinaires par leurs couleurs, leurs formes ou leurs comportements.
Les hommes ont toujours transporté des animaux pour leurs élevages. Les moines apportaient avec eux des carpes, les transportaient dans de la paille humide et les libéraient dans des étangs creusés de leurs mains, pour avoir le poisson à manger le vendredi et les jours dits « maigres ».
Les déversements de juvéniles ou d’adultes d’espèces piscicoles diverses pour renforcer le potentiel d’une rivière sont toujours pratiqués et profitent plus aux aquaculteurs qu’aux milieux aquatiques qui ont une résilience certaine.
Autochtones et allochtones : le grand chambardement
À priori, on peut imaginer de classer les espèces présentes en deux catégories : celles d’ici et celles venues d’ailleurs. Mais les choses se compliquent si on souhaite préciser l’origine de ces dernières et la façon dont elles se sont installées : par introduction ou par déplacements progressifs dans le réseau des rivières et des canaux.
Able de Heckel, ablette, anguille, apron du Rhône, barbeau fluviatile, blageon, bouvière, brème bordelière, brème commune, brochet, chabot, chevaine, épinoche, épinochette, gardon, goujon, lamproie de Planer, loche d’étang, loche épineuse, loche franche, lote, ombre commun, perche, rotengle, spirlin, tanche, toxostome, truite commune, vairon, vandoise.
Amour blanc, aspe, black bass, carassin commun, carassin doré, carpe argentée, carpe commune, corégone, esturgeon(s), grémille, hotu, ide mélanote, perche soleil, poisson chat, pseudorasbora, sandre, saumon de fontaine, silure, truite arc-en-ciel et possiblement le crapet de roche et le gobie demi-lune.
Espèces perdues ou en perdition
Depuis la construction des grands barrages sur le Rhône pour permettre la navigation fluviale, plusieurs espèces ont été stoppées dans leurs migrations vers l’amont (anadrome) qui étaient indispensables à leur reproduction. Donzère-Mondragon, construit en 1952, a coupé définitivement la route vers les frayères.
Classification des espèces menacées
Anguille : ne peut plus réaliser sa montaison ni sa dévalaison vers ses lieux de ponte.
Apron : a perdu 90% de son aire de répartition, populations isolées restantes.
Loche d’étang : presque un fossile vivant (Misgurnus fossilis), en limite de répartition.
Lote, Ombre, Toxostome : subissent le colmatage et la pollution des sédiments, accompagnée du développement de cyanophycées et d’algues envahissantes.
Blageon, Brochet, Truite fario, Lamproie de Planer : nécessitent le bon état de leurs sites de reproduction.
Les rivières de Franche-Comté ont vu apparaître 19 espèces – toutes introduites par l’Homme – et disparaître 4 espèces – toutes autochtones. À priori, sur un plan comptable, le bilan est plutôt positif et la biodiversité a augmenté. C’est indéniable.
Sauf que les espèces qui ont disparu sont des espèces qui sont menacées partout ailleurs. Et que les espèces apparues sont, à part probablement l’esturgeon, des espèces qui sont largement représentées et florissantes sur le reste de la planète.
Au-delà des poissons : invertébrés, mollusques, crustacés
Les poissons ne sont que les représentants du sommet d’une chaîne trophique dont les invertébrés aquatiques occupent les étages inférieurs. Le naturaliste constate une baisse extrêmement importante de leurs populations depuis 40 années.
Les insectes : un effondrement spectaculaire
Le petit Trichoptère Brachycentrus subnubilus, particulièrement abondant dans les années 80, est au bord de l’extinction. À l’époque, les émergences étaient si massives que l’on ne voyait plus la rive opposée dans les secteurs de la Loue moyenne, du Dessoubre et de l’Ain. La visibilité était la même que par tempête de neige.
De nos jours, il est exceptionnel d’avoir la chance d’y repérer 10 insectes en même temps dans son champ visuel. Une estimation des populations actuelles au millième de leur densité de l’époque ne paraît pas exagérée.
Chez les Éphéméroptères, une petite espèce très répandue, Ephemerella ignita, connaît elle aussi un déclin dramatique. Dans les années 75-80, les vols nuptiaux étaient si compacts au-dessus de la route longeant la Loue en amont d’Ornans que circuler en voiture à la tombée de la nuit entraînait le risque d’un pare-brise rapidement colmaté et d’une visibilité nulle !
Les mollusques : entre disparition et invasion
La mulette perlière (Margaritifera margaritifera) vit dans les eaux oligotrophes des ruisseaux qui naissent dans les Vosges saônoises. Cette moule, autrefois très abondante, a subi les étiages sévères liés aux canicules et le colmatage des fonds. Elle a un cycle de vie complexe qui demande un hôte pour ses larves : un poisson, la truite fario. L’espèce est classée en danger et l’évolution climatique ne lui laisse que peu de chances de survie.
En revanche, deux espèces de mollusques bivalves sont nouvelles pour nos eaux douces : la moule zébrée (Dreissena polymorpha) et la corbicule (Corbicula fluminea), qualifiées d’espèces envahissantes. Toutes deux sont maintenant bien implantées dans les rivières et les lacs du Jura, représentant des biomasses importantes.
Les crustacés : un bouleversement total
Trois espèces autochtones d’écrevisses sont en voie de disparition : l’écrevisse à pattes rouges (Astacus astacus), Austropotamobius torrentium et Austropotamobius pallipes. Elles sont actuellement « réfugiées » dans quelques secteurs apicaux de sous-bassins versants, mais ces zones sont vulnérables aux effets du dérèglement climatique et écologiquement cernées par les espèces exotiques qui progressent vers l’amont.
Les enquêtes réalisées par l’ONEMA depuis 1975 ont toutes montré une expansion forte et continue des espèces exotiques : l’écrevisse du Pacifique (Pacifastacus leniusculus), l’écrevisse rouge de Louisiane (Procambarus clarkii) et l’écrevisse américaine (Orconectes limosus).
La caridine (Atyaephyra desmaresti) : crevette d’eau douce endémique du sud de la France, elle est maintenant présente en Franche-Comté et remonte vers le nord. Les populations du sud déclinent suite aux sécheresses et un déplacement vers le nord accompagne le réchauffement des eaux.
La Pectinatelle (Pectinatella magnifica) : bryozoaire formant des boules gélatineuses, originaire d’Amérique du Nord, observé dans les Mille étangs.
Méduse d’eau douce (Craspedacusta sowerbii) : introduite probablement via le commerce des plantes d’aquarium, elle apparaît lorsque la température dépasse 25°C.
Dérèglement climatique et effondrement de la résilience
Le changement climatique en cours accentue toutes les fragilités : hausse des températures, étiages sévères, crues brutales, colmatage des substrats et proliférations algales. Dans les rivières comtoises, les étés 2018, 2019, 2022 et 2023 ont vu se développer des tapis d’algues pouvant atteindre 4 à 5 kg par mètre carré en poids essoré.
L’effet de ce recouvrement du substrat perturbe la vie et le développement des larves d’invertébrés ayant un cycle sur plusieurs années, diminuant cette faune qui joue un rôle essentiel dans l’équilibre d’une rivière. En fin d’automne, la dégradation de ces tonnes de végétaux entraîne une anoxie des substrats et un dépôt de vases.
La résilience théorique d’un écosystème de rivière après 10 ans de « répit » ne se vérifie plus. Les relevés des pêches électriques et les observations montrent, pour certaines espèces, un retour à moins de 50% du potentiel initial dans des secteurs comme la Loue moyenne.
Les travaux publiés ont ciblé les origines de ces dystrophies : azote, phosphore, pesticides, produits de traitements des animaux et des végétaux, dégradation des sols sources de matières en suspension qui ensuite colmatent les fonds.
Ce sont donc à la fois les habitats et la qualité de l’eau qui sont perturbés, entraînant des atteintes aux métabolismes et aux réponses immunitaires des poissons. Ils ont, de ce fait, une moindre résistance aux parasites et des difficultés de reproduction.
Conclusion : L’urgence d’agir
La surprise et l’étonnement que suscitent ces informations sont de deux ordres : d’abord temporel par la multiplicité des espèces nouvelles invasives ou introduites en un peu plus d’un siècle, avec un maximum autour des années 1860 à 1940 où toutes les tentatives d’introduction étaient les bienvenues.
Ensuite spatial par la diversification des origines de ces espèces d’eau douce : de l’est, de l’Extrême-Orient, comme des Amériques. Tous les modes de transport sont utilisés, l’eau des ballasts des navires, les plantes décoratives des jardineries et même les introductions illégales.
Si on prend en compte l’évolution climatique probable avec des sécheresses et des canicules de plus en plus fréquentes, la diminution des réserves d’eau douce et les demandes de plus en plus pressantes des usagers, on imagine que des conflits majeurs seront d’actualité prochainement. La biodiversité ne pourra qu’en subir les effets globalement négatifs.
Il est indispensable que la protection des milieux aquatiques soit la préoccupation de tous les citoyens, élus, administratifs, gestionnaires, consommateurs et ceci dans l’ensemble des bassins versants. Cela demande un effort d’information, de promotion, de planification et d’investissement piloté par une direction volontariste.
En attendant cette (r)évolution, la biodiversité aquatique est modifiée sans limites avec des crises et des changements qui passent souvent inaperçus avant d’être médiatisés épisodiquement. L’optimisme n’est plus d’actualité !
Quelques références bibliographiques
Bourgogne Nature 2009 Revue scientifique 9/10 Invertébrés aquatiques : espèces patrimoniales, ordinaires et invasives.
BOUCHARD J. et HÉROLD J.-P. 2017. La faune piscicole des 4 bassins versants de la Bourgogne Franche-Comté : plus de diversité ? Revue scientifique Bourgogne-Nature 25 : p 149-163.
DORIS : La vie en eau douce, Ed Neptune Plongée 2012, 415p.
KEITH et coll. 2011 Les Poissons d’eau douce de France. Muséum d’histoire naturelle, Paris, 552p.
VERNEAUX J. 1973. Cours d’eau de Franche-Comté (massif du Jura). Recherche écologique sur le réseau hydrographique du Doubs : essai de biotypologie. Ann. Scient. Univ. Fr. Comté. Biol. Anim. 3, 9, 260 p.
PERSAT H. & KEITH P. 1997. La répartition géographique des poissons d’eau douce en France, qui est autochtone et qui ne l’est pas ? Bull. Fr. Pêche Pisciculture, 344-345, p 15-32.