Dans un entretien accordé à L’Est Républicain le 15 août 2026, l’hydrobiologiste Philippe Combrouze, spécialiste des cyanobactéries intervenant pour plusieurs agences régionales de santé (dont celle de Bourgogne-Franche-Comté), dresse un constat sans concession qui rejoint directement les alertes portées depuis des années par SOS Loue et Rivières Comtoises.
Le réchauffement climatique, pas seul en cause
Pour cet expert indépendant, attribuer la prolifération des cyanobactéries au seul réchauffement climatique relève de l’esquive institutionnelle. Si la chaleur, la lumière et le faible écoulement constituent évidemment des facteurs favorisants, la cause fondamentale réside dans l’eutrophisation des milieux aquatiques par un apport excessif en nutriments : l’azote et le phosphore.
L’origine de ces nutriments est clairement documentée :
- Un assainissement collectif défaillant : dans l’article, l’expert rapporte le cas d’une intercommunalité où 165 points d’assainissement sur 166 ne sont pas aux normes !
- Une agriculture intensive : l’abandon des pratiques extensives entraîne des rejets massifs d’azote et de phosphore dans les cours d’eau.
Des micro-organismes toxiques et un risque sanitaire majeur
Comme le rappellent les travaux de référence du Dr Gérard Masselot (hydrobiologiste, ingénieur écologue attaché au Muséum National d’Histoire Naturelle et expert UICN), les cyanobactéries (ou cyanophycées) sont des micro-organismes procaryotes photosynthétiques. Elles ne nécessitent que de la lumière, de l’eau, du CO₂ et des nutriments (azote et phosphore) pour proliférer.
Cependant, plusieurs espèces sécrètent de puissantes cyanotoxines dangereuses pour les animaux et l’homme :
- Mortalité animale : les proliférations entraînent des intoxications mortelles chez les chiens et le bétail (un élevage ayant notamment perdu 16 vaches après abreuvement).
- Danger pour la santé humaine : bien que la France n’ait pas encore formalisé de bilan de mortalité humaine directe, les cyanotoxines ont déjà causé des drames majeurs à l’international, comme à Palm Island en Australie (149 personnes empoisonnées, majoritairement des enfants) ou au Brésil (50 décès).
Failles méthodologiques et omerta sur le bassin de la Loue
Philippe Combrouze pointe également une lacune de surveillance majeure : la plupart des prélèvements officiels se limitent aux espèces planctoniques/pélagiques en surface de l’eau, alors que de nombreuses espèces toxinogènes sont benthiques et se développent fixées au fond des rivières. Ce biais de méthode conduit à sous-estimer systématiquement l’ampleur réelle du problème.
Enfin, l’expert dénonce un climat de pression visant à imposer le silence sur les causes réelles de contamination, citant explicitement la Loue comme un exemple de gestion catastrophique qu’il convient de ne pas reproduire.
Ce que retient SOS Loue et Rivières Comtoises :
- L’inaction sur l’assainissement et les pratiques agricoles ne peut pas se cacher derrière le seul prétexte du dérèglement climatique.
- Le risque sanitaire lié aux cyanotoxines benthiques est sous-évalué et exige une révision immédiate des protocoles de suivi de nos rivières.
- Les pressions exercées sur ceux qui documentent la dégradation des cours d’eau doivent cesser.
Nos exigences envers les autorités sanitaires et les collectivités :
- Généraliser les protocoles de prélèvement incluant systématiquement les cyanobactéries benthiques fixées au fond des cours d’eau ;
- Publier l’état de conformité réel des stations d’épuration sur l’ensemble du bassin de la Loue ;
- Mettre en place un plan de réduction drastique des apports en azote et phosphore d’origines agricole et urbaine ;
- Garantir qu’aucune aide aux victimes de contamination ne soit conditionnée au silence sur les causes.
Article de référence :
« Cyanobactéries : « Il y a une volonté nette de ne pas aller au conflit », remarque l’hydrobiologiste Philippe Combrouze » (L’Est Républicain, 15 août 2026).

