Récemment sollicité par la presse régionale au sujet de la méthanisation, le collectif SOS Loue et Rivières Comtoises en profite pour faire le point sur l’état de l’art. Si les enjeux environnementaux globaux liés à la méthanisation sont nombreux, nous nous concentrerons dans cet article sur la raison d’être de notre collectif : la protection de la santé de nos rivières et de nos hydrosystèmes karstiques.
Le cœur de notre mobilisation : la menace directe et indirecte sur nos cours d’eau
Développer la méthanisation industrielle sur le massif jurassien reviendrait à injecter une pression supplémentaire sur un milieu aquatique déjà à l’agonie.
1/ L’illusion du digestat : le piège du « super-lisier »
Dans un cycle agricole traditionnel, l’azote du fumier est essentiellement organique : bloqué dans le sol, il est restitué progressivement aux cultures. Le lisier est déjà problématique pour les rivières, le digestat (résidu de la méthanisation), c’est encore un cran au dessus ! En effet, la méthanisation casse le cycle naturel en transformant l’azote organique en azote minéral ammoniacal, directement soluble, volatil et hyper-mobile. Ce digestat agit comme un « super-lisier », au potentiel encore plus impactant pour l’eau : au premier coup de pluie, l’azote ne s’accroche plus à la terre, il s’infiltre.
2/ L’inflation des volumes et la concentration d’azote
Pour rentabiliser le coût exorbitant des installations, et ce malgré de nombreuses subventions, la méthanisation industrielle nécessite de collecter et d’importer massivement des matières exogènes (déchets agroalimentaires, cultures dédiées (CIVE…)…)
- Résultat : Les volumes à épandre ne sont pas réduits, ils sont multipliés par deux ou trois par rapport au gisement initial des fermes.
Exemple : L’unité de méthanisation de Reugney illustre cette dérive en tête de bassin versant. La concentration de digestats liquides épandus sur environ 350 hectares injecte une charge d’azote minéral ammoniacal équivalente à la pression d’épandage de trois porcheries industrielles, en plein cœur d’une zone d’infiltration prioritaire pour la Loue.
3/ Le choc du milieu karstique
Sur les plateaux comtois, caractérisés par des « sols maigres » et filtrants, l’épandage de ces volumes de digestats liquides provoque des fuites de nitrates et de phosphore vers les fissures du calcaire et les pertes. La sanction est immédiate dans nos rivières : prolifération d’algues filamenteuses, cyanobactéries toxiques, eutrophisation et mortalité de la faune aquatique. Bref… Vous voyez le tableau ? On vous résume ça en image !

4/ La multiplication du risque d’accident : le cas de la Doye et du Valouson
Les partisans des méthaniseurs évoquent des « incidents isolés », allez donc dire ça aux rivières et aux riverains touchés ! Sur le réseau karstique, un simple dysfonctionnement ou une erreur de manipulation se transforme immédiatement en marée noire écologique. Pour rappel, l’incident du Valouson dans le Jura en 2022 : un méthaniseur situé à Rothonay a déversé plus de 400m3 d’un mélange de lactosérum et de lisier directement dans les eaux souterraines. Le bilan est désastreux : 7 kilomètres de rivières complètement dévastés (Doye et Valouson, voir image d’illustration ci-dessous), la résurgence polluée, asphyxie totale de la faune, impossibilité pour les maraîchers locaux d’irriguer et une dépréciation écologique chiffrée à 1,7 millions d’euros par la Fédération de Pêche du Jura. Des récidives de pollution organique et bactérienne (E. coli, entérocoques) observées en 2024 sur ce même secteur doivent nous alerter !

En conclusion : la position claire de SOS Loue
Notre collectif ne s’oppose pas par principe à la valorisation des déchets mais exige de préserver avant tout nos rivières. C’est pourquoi il nous semble évident :
- d’interdire les grands méthaniseurs sur le plateau karstique.
- de maintenir strictement la méthanisation aux seules petites unités à la ferme, limitées à l’autonomie énergétique locale et aux seuls effluents du sous-bassin versant.
- L’interdiction d’épandage de digestat liquide en dehors des sols très profonds (supérieur à 70cm) pour protéger nos cours d’eau.
Pour aller plus loin : derrière le mirage d’un gaz “vert” : des dérives globales
Si la menace sur l’eau reste le motif premier de notre mobilisation, nous ne pouvons ignorer l’effet domino de cette filière :
- Pour les sols et l’agronomie :
- La « faim de carbone » des micro-organismes du sol privés d’énergie organique.
- La baisse progressive du taux d’humus et l’altération de la vie biologique des sols : ce déstockage de carbone va à l’encontre de l’initiative « 4 pour 1000 » et prive le sol de sa capacité de rétention d’eau et de minéraux, aggravant les phénomènes de sécheresse, les étiages et le lessivage des nitrates.
- Selon les analyses de l’ADEME sur le CO2, le déstockage de carbone et l’usage de cultures dédiées/CIVE entraînent un bilan énergétique et climatique globalement dégradé.
- Pour le climat et l’air :
- Les fuites fugitives de méthane sur les usines (un gaz au pouvoir réchauffant 30 fois supérieur au CO2).
- Le déstockage du carbone des sols qui contredit la neutralité carbone.
- Les émissions d’ammoniac lors des transports et épandages.
- Pour l’alimentation et la souveraineté :
- Le détournement de terres nourricières pour des cultures énergétiques dédiées (maïs, CIVE).
- La concurrence avec l’alimentation du bétail, particulièrement choquante en période de sécheresse.
- Pour l’économie et l’énergie :
- Un gaz “vert” hors de prix (jusqu’à 3 fois plus cher que le gaz naturel) soutenu à coup de subventions publiques massives.
- La fuite en avant vers des investissements lourds qui poussent à l’agrandissement des fermes et compliquent les reprises.
- L’illusion d’une production d’énergie qui fait l’impasse sur la vraie priorité : la sobriété énergétique.
- Pour l’accidentologie
- Le pouvoir réchauffant du méthane, 30 fois supérieur à celui du CO2, signifie que la moindre fuite ou accident sur un site annule l’intérêt affiché de réduction des gaz à effet de serre par rapport aux énergies fossiles…
- Un changement de métier dangereux pour les exploitations agricoles à qui on demande de se transformer en gestionnaire d’usines à haut risque.
- Pour l’énergie grise et le bilan global :
- L’empreinte masquée liée à la construction des installations (béton, acier), la fabrication du matériel agricole dédié, l’extraction des minerais et l’ensemble des transports de la filière. Bien que le format de cet article ne permette pas d’être exhaustif sur ce sujet, cette énergie grise reste un facteur clé à approfondir pour évaluer la réelle durabilité de ces projets.
NB : Non, la méthanisation des lisiers n’est pas une solution aux excès d’azote.

