De 41,2 km de longueur, la Savoureuse prend sa source dans la commune de Lepuix, 60 m sous le sommet du Ballon d’Alsace qui culmine à 1 250 mètres d’altitude. C’est un torrent de montagne sur les premiers kilomètres de son cours. Au pied du Ballon, elle devient une petite rivière de piémont, à caractère torrentiel, et reçoit les apports de nombreux petits affluents montagnards appelés gouttes. Elle draine ensuite la plaine située entre le massif du Ballon et l’agglomération de Belfort qui s’est établie sur ses rives et occupe largement une importante partie de son lit majeur, aujourd’hui remblayé. Fortement artificialisée entre Lepuix et Belfort, des bassins d’écrêtement de crues ont été construit dans la plaine de Chaux et de Sermamagny. Dans la traversée de Belfort, la Savoureuse n’a plus rien de naturel. Elle est encaissée dans des berges maçonnées ou enrochée. 7 barrages artificiels la ralentissent, créant des petites étendues calmes et réchauffant ses eaux. La rivière retrouve un peu de liberté à la sortie Sud de Belfort non sans avoir absorbé le rejet de la STEP de la Communauté d’ Agglomération Belfortaine, soit environ 100 000 habitants. Elle quitte le Territoire de Belfort, juste avant « la réserve naturelle de la Basse Savoureuse » à l’entrée du département du Doubs où elle se jette dans l’Allan, affluent du Doubs, près de Sochaux.
Aucune action sur la morphologie ou les zones humides n’a été réalisé à ce jour. La rivière est encore aujourd’hui pénalisée par cette forte densité d’aménagements qui contrarient sa mobilité naturelle, limitent le transport solide (sédiments), et réduisent fortement la biodiversité dans la mesure où la plupart des milieux naturels ont été supprimés ou simplifiés. Le cours d’eau présente sur pratiquement toute sa longueur des enrochements latéraux de toutes époques, une largeur standardisée, un fond plat, parfois colmaté, des berges fréquemment encaissées entre des remblais.
À partir des dernières années du XXe siècle, un premier progrès a été obtenu à la suite de l’adoption d’un plan de prévention du risque d’inondation par les communes, qui réglemente l’urbanisation en zone inondable. En outre les collectivités ont parachevé la collecte et le traitement des eaux usées dans la première décennie du XXIe siècle, améliorant ainsi la qualité de l’eau. Malgré cela, il faut bien constater que d’énormes progrès restent à faire : Améliorer le réseau EU des communes (fuites, pannes de station de refoulement, vérification des branchements particuliers au réseau collectif, adopter un réseau séparatif pour ceux qui n’en sont pas encore pourvu…)
Un Schéma d’Aménagement et de Gestion des Eaux (SAGE) est en préparation pour le bassin versant de l’Allan, dont la Savoureuse fait partie. Il devra traiter les grands problèmes de cette vallée, qui sont notamment l’alimentation en eau potable (la ressource quantitative avant Belfort est insuffisante et chaque année des assecs sont fréquents sur la Haute Savoureuse), le risque d’inondation, la biodiversité, sans oublier les pollutions chimiques (Lepuix, Giromagny).
Les ressources d’AEP, essentiellement superficielles ou à faible profondeur connaissent des étiages sévères et des variations importantes de niveau. Les 2 ressources essentielles au nord de Belfort sont les champs captants de Malvaux (verrou glaciaire) et de Sermamagny. Lepuix est alimenté par des sources venant de la Planche des Belles Filles et de l’Ordon Verrier. Des restrictions pendant l’été deviennent récurrentes et le déficit d’alimentation est jusqu’à ce jour assuré par le branchement de Mathay. Au sud de Belfort, la Douce est déconnectée de la nappe de la Savoureuse, celle de Botans/Dorans/Bermont communique avec elle.
Sur cette petite rivière, le collectif est en relation directe avec FNE territoire de BELFORT, quelques analyses d’eau réalisées dans le centre-ville ont montré que la qualité de l’eau était fortement affectée.
Une grosse mortalité de plusieurs Km s’est produite cet été directement à l’aval de la STEP de Belfort. Plusieurs causes à cette importante mortalité, la chaleur du début du mois de juillet, le niveau d’étiage de la Savoureuse, et la surcharge d’eaux usées venant de la manifestation des Eurockéennes (25 à 30.000 EQH).
FNE 90 a également mis en lumière avec le SAMUE d’Alsace la pollution due à un floculent couramment utilisé et rejeté dans la rivière avec les eaux de lavage venant de l’exploitation de la carrière. Ce rejet avait provoqué une importante mortalité sur environ 600 m de rivière sur la commune de Lepuix.