La Barbèche et ses affluents font partie des écosystèmes remarquables qui se sont considérablement raréfiés en Franche-Comté, de sorte qu’il n’en subsiste qu’un peu plus d’une centaine aujourd’hui. Leur état de conservation est lié à celui de leur bassin versant. Ils sont particulièrement fragiles et sensibles à toute dégradation. Ils font généralement l’objet de pollutions chimiques ou organiques diffuses, de travaux anarchiques dans le lit mineur ou en bordure immédiate ou encore d’agressions diverses dues à l’exploitation sylvicole et agricole intensive.
Ici, le bassin versant est soumis à de nombreuses pressions d’origine humaine. Des étangs ont été creusés sur deux des affluents de la Barbèche, ce qui influe sur le niveau de la nappe et les débits. Un moulin sur le Ruisseau du Moulin Brûlé ne reste pas sans effet également sur le débit du cours d’eau. Enfin, plusieurs exploitations agricoles sont présentes dans les environs proches de certains de ces cours d’eau.
Le Ruisseau du Moulin Brûlé et le Ruisseau Tuffeux présentent une eau de bonne qualité. Mais les parties aval de plusieurs de ces cours d’eau subissent des dégradations importantes à l’origine d’assecs ou de prolifération d’algues. La mise en œuvre de mesures de restauration apparaît donc nécessaire et urgente.
Une récente étude réalisée par la fédération de pêche du Doubs des peuplements pisciaires et invertébrés globalement déséquilibrés.
Il est indispensable d’envisager une restauration morphologique ainsi que la lutte contre les apports organiques qui sont excédentaires. De même il est nécessaire de se préoccuper des intrants toxiques qui sont très présents sur ce cours d’eau.